26 kwietnia 1982 r. W siedzibie Urzędu Wojewódzkiego w Poznaniu odbyła się konsultacja między przedstawicielami Urzędu Wojewódzkiego, a przedstawicielami Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. W wyniku konsultacji obie strony doszły do wspólnego wniosku, iż w latach 1982-1985 przyjmuje się do realizacji budowę obiektu sakralnego „Września – Osiedle Tysiąclecia”.
19 maja 1982 r. Ks. dziekan Władysław Kierzek wystosował pierwsze pismo do Naczelnika Miasta i Gminy we Wrześni z prośbą o wskazanie terenu pod budowę kościoła wraz z plebanią i pomieszczeniami katechetycznymi.
25 października 1982 r. W odpowiedzi wskazano lokalizację po prawej stronie ul. Słowackiego u wylotu z miasta.
3 listopada 1982 r. Kuria Metropolitalna wnosi odwołanie do Urzędu Wojewódzkiego, gdyż wskazany teren przy ul. Słowackiego nie nadaje się pod zabudowę obiektów mieszkalnych.
17 grudnia 1982 r. Urząd Wojewódzki wskazuje teren przy ul. Ogrodowej.
1 maja 1983 r. Ks. Prymas Józef Glemp erygował Parafię pw. Błogosławionej Królowej Jadwigi we Wrześni.
Czerwiec 1983 r. Zakupiono barak pod kaplicę z Łęgów Dębińskich w Poznaniu. Przed ustawieniem baraku podwyższono o 1 metr teren pod zabudowę.
Wrzesień 1983 r. Rozpoczęły się prace nad projektem koncepcyjnym całej zabudowy terenu. Projektantem całości jest Andrzej Chudziak inżynier architekt z Gdyni, rodak z Wrześni.
Październik 1983 r. Ustawiono barak mieszkalny służący jako tymczasowa plebania.
15 maja 1984 r. Zakupiono pierwszą cegłę oraz stal z rozbiórki potrzebną do budowy kościoła. Pierwszym etapem budowy było postawienie budynku gospodarczego, w którym utworzono dwie salki katechetyczne. Budowa została sfinalizowana 30 maja 1986 roku.
14 czerwca 1987 r. Parafia otrzymuje odpis z Urzędu Wojewódzkiego skierowany do Urzędu Miasta i Gminy we Wrześni zatwierdzający projekt techniczny kościoła.
1 lipca 1987 r. Początek kopania fundamentów pod kościół. W wyznaczonych godzinach przychodzą parafianie z poszczególnych ulic. Praca w godzinach: 9.00-13.00 i 16.30-20.00.
Wrzesień 1987 r. Zabetonowano fundamenty przy wejściu głównym oraz ławy pod dziesięć filarów.
Grudzień 1987 r. Zakupiono elementy na dach świątyni. Prace murarskie wstrzymano do wiosny.
Listopad 1988 r. Zakończyły się prace murarskie związane ze stawianiem murów. Ściany okryto folią i obsypano ziemie fundamenty kościoła.
30 maja 1989 r. Prymas Polski abp. Józef Glemp wmurowuje kamień węgielny otrzymany z katedry wawelskiej pod budowę kościoła. Kamień został przywieziony z Krakowa podczas parafialnej pielgrzymki do grobu Patronki.
19 czerwca 1989 r. Rozpoczęto betonowanie chóru bocznego, a 15 września betonowanie drugiej strony. Tym sposobem zalano strop całego chóru kościoła, jednocześnie kontynuując prace w dolnej części świątyni.
Wrzesień 1989 r. Wykopano fundamenty pod budowę wieży.
7 lipca 1990 r. Zabetonowano strop nad absydą kościoła.
Z początkiem sierpnia 1991 r. zlecono dalsze prace budowlane firmie Peberol.
19 czerwca 1993 r. Zaczął się montaż dachu na kościele.
Wiosna 1994 r. Ocieplono wełną mineralną dach kościoła oraz przykryto go blachą miedzianą i papą.
Październik 1995 r. Młodzież z Zespołu Szkół Zawodowych zamontowała barierki na chórze oraz przy schodach.
Marzec 1996 r. Założono instalację elektryczną. Ukończono montaż okien i drzwi w świątyni, a teren przykościelny obsypano szlaką. Rozpoczęto budowę zakrystii.
Maj 1997 r. Ukończono podstawowe prace w prezbiterium oraz zostały założone żyrandole w świątyni.
Lato 1998 r. Zaczęto malować wnętrze kościoła, zakładać płytki podłogowe na korytarzach i łazienkach. Przystąpiono także do kopania fundamentów pod budynek plebani.
Grudzień 1999 r. Zamontowano kraty i gabloty w kruchcie kościoła.
Wiosna 2000 r. Zawieszono stacje drogi krzyżowej ufundowane przez parafian. Wykonawcami stacji byli górale Jan Topór z Cyrli – rzeźbiarz oraz Bronisław Bednarz ze Skrzypnego - malarz.
Lipiec 2000 r. Zakupiono z okolic Kielc marmur na posadzkę oraz na filary kościoła. W prezbiterium ustawiono tabernakulum składające się z kasy pancernej i elementów dekoracyjnych. Parafianie ofiarowali złoto i srebro na wykonanie szaty zewnętrznej. Znalazł się malarz artysta z Bydgoszczy Jan Wiza, który podjął się wykonania obrazu Królowej Jadwigi klęczącej pod krzyżem wawelskim o wymiarach 190x300cm.
24 grudnia 2000 r. Poświęcenie nowego Tabernakulum.
Kwiecień 2001 r. Obłożenie marmurem filarów w kościele oraz prezbiterium.
Grudzień 2001 r. Ustawiono w prezbiterium nowy ołtarz mszalny o wymiarach 260x90x12,5 i wadze około 1500 kg, a także wykonano ambonę i ambo.
Styczeń 2002 r. Założono ogrzewanie w kościele w formie dwóch gazowych nagrzewnic.
Maj 2002 r. Tynkowanie wnętrza plebanii.
Czerwiec 2002 r. Podwyższono posadzkę w kruchcie oraz wykonano trzy stopnie schodów wraz z podjazdami.
Listopad 2002 r. Parafia otrzymuje od Urzędu Miasta i Gminy we Wrześni kostkę brukową, która została odzyskana przy remoncie ul. Słowackiego. Kostka została założona przy kościele.
23 września 2003 r. Zamontowano kwadratowe tabliczki z marmuru do konsekracji kościoła.
Marzec 2004 r. Założono oświetlenie zewnętrzne przy kościele, a na plebani zamontowano okna i drzwi.
1 października 2006 r. Ukończono budowę plebani.
Wrzesień 2007 r. Podjęto prace przygotowawcze do położenia płytek na balkonach kościoła. W tym celu wylano masę betonową na całej powierzchni.
Październik 2007 r. Dokonano wymiany oraz poszerzenia istniejącej instalacji nagłośnieniowej. Wymiana dotyczyła nagłośnienia wewnętrznego i zewnętrznego, a także całego zespołu zasilającego.
Lato 2008 r. Przystąpiono do rozbiórki baraków, w których znajdowała się kaplica oraz mieszkania. W tym miejscu powstał parking na 60 samochodów wraz z kompleksem zieleni.
2008 r. Założona została instalacja odgromowa na kościele i plebani oraz założony parkan z bramą oddzielającą część działki otaczającej kościół od zaplecza związanego z parafią. Przygotowano także pomieszczenia magazynowe pod prezbiterium kościoła oraz wykonano projekt i częściową realizację oświetlenia wnętrza kościoła. Dokonano renowacji okien kościoła, zakrystii i salek parafialnych.
2009 r. Wykonano parking przed plebanią oraz utwierdzono nawierzchnię na podwórzu. Zaprojektowano i wykonano teren zielony z automatycznym nawodnieniem. Zaprojektowano i zrealizowano oświetlenie terenu.
Kwiecień 2010 r. Zawieszono w świątyni nowe obrazy Jezusa Miłosiernego i św. Faustyny artysty Zbigniewa Sałaj.
2010 r. Uporządkowano także teren procesyjny przy kościele poprzez montaż kostki brukowej. Kompleks przykościelny ubogacono liczną zielenią. Postawiony został przed głównym wejściem nowy krzyż misyjny. Założono wahadłowe drzwi w kościele. Wykonano obróbki drewniane na balkonach oraz przy schodach prowadzących na balkon.
2011 r. Wykonano nowe bramy garażowe.
Od 10 kwietnia do 19 maja 2012 r. Trwały prace remontowe polegające na założeniu posadzki na balkonach, malowaniu wnętrza świątyni oraz zaplecza katechetycznego. Na dachu kościoła założono nową papę termozgrzewalną. Na jednej z salek została urządzona kuchnia z pełnym wyposażeniem.
Wiosna 2013 r. W dolnej części kościoła zostały umieszczone nowe ławki. Wyszlifowano i przeprowadzono krystalizację posadzki w kościele, prezbiterium i wejściami na balkon.
2014 r. Dokończono montaż ławek na parterze kościoła.
Grudzień 2014 r. Zamontowano nowe organy, którymi jest instrument koncertowy marki Ahlborn z serii organum III. W prezbiterium ustawiono nowe sedilia dla kapłanów i służby liturgicznej.
2015 r. Zakupione i zamontowane zostały nowe meble w zakrystii głównej i dla ministrantów. Utworzony został parkan przy plebani od strony piekarni.
Wiosna 2016 r. Została urządzona kaplica chrzcielna. Zakupiono nową chrzcielnicę i umieszczono w ścianie olej krzyżma. Wystrój kaplicy ubogaciły trzy witraże nawiązujące do symboliki wody i Ducha Świętego.
Jesień 2016 r. Ukończono montaż witraży w pozostałych oknach świątyni. Witraże powstały w pracowni Magdaleny i Marcina Czeskich w Wagowie, i nawiązują do uczynków miłosierdzia względem duszy i ciała. Dzieło zostało uwieńczone wraz z zakończeniem Nadzwyczajnego Jubileuszu Miłosierdzia ogłoszonego przez papieża Franciszka.
Czerwiec 2017 r. Zostały umieszczone w ołtarzu, ambonie oraz stojaku pod Ewangeliarz mozaiki autorstwa artystów Czeskich z Wagowa, nawiązujące do symboliki ewangelistów, Eucharystii oraz Słowa Bożego.
Jesień 2018 r. Do kaplicy chrzcielnej zakupiony został zbiornik do wody święconej oraz zamontowane zacheuszki w miejscach konsekracji świątyni.
Grudzień 2018 r. Montaż nowych ławek na chórze kościoła wraz z poduszkami. Łącznie jest w górnej części 344 miejsc siedzących.
2018 r. Dokonano renowacji posadzki kościoła. Wymalowano prezbiterium i położono nową papę na dachu plebani oraz nad prezbiterium.
2019 r. Utworzono ołtarz boczny ku czci św. Jana Pawła II ubogacony mozaiką, w którym znajdują się relikwie krwi. Wykonano i zamontowano cztery nowe konfesjonały. Zabezpieczono mury przy wejściu do kościoła przed zawilgoceniem. Na cmentarzu parafialnym został postawiony pomnik budowniczemu kościoła ks. Henrykowi Nadolnemu. Podjęto także działania dotyczące elewacji kościoła i budowy kaplicy zimowej.
Maj 2020 r. Rozpoczęły się prace związane z położeniem elewacji na budynku kościoła i zapleczu katechetycznym. Konserwacji poddano wszystkie okna. Na budynki katechetycznym zamontowano nowe rynny.
Sierpień 2020 r. Przystąpiono do budowy kaplicy pw. bł. Stefana Wyszyńskiego.
12 września 2022 r. abp. Wojciech Polak dokonał konsekracji kaplicy.
Wiosna 2023 r. początek remontu plebanii.